Tahapan ke dua dari proses seleksi calon peserta program Pendidikan Profesi Guru (PPG) setelah dinyatakan lolos dari seleksi tahap pertama di kantor dinas kabupaten kota adalah seleksi secara akademik di LPTK yang menyelenggarakan program PPG tersebut.

Adapun proses seleksinya adalah sabagai berikut:

1. Berdasarkan dokumen yang dikirim oleh Dinas Pendidikan kabupaten/kota, ke LPTK, LPTK melakukan penilaian dokumen dengan menggunakan prinsip PPKHB.
2. LPTK melakukan seleksi menggunakan tes dan non tes yang meliputi hal berikut.
   a. Tes penguasaan bidang studi (sesuai dengan bidang studi yang diampu)
   b. Tes kemampuan bahasa Inggris (English for Academic Purposes)
   c. Tes Potensi Akademik sesuai dengan kondisi setempat
   d. Penelusuran minat dan bakat melalui wawancara dan observasi kinerja.
3. LPTK menetapkan hasil seleksi sesuai dengan kuota yang telah ditetapkan oleh Kementerian pendidikan Nasional.

Sumber: Materi Rakor Penyelenggaraan Program Sarjana (S-1) KependidikanBagi Guru Dalam Jabatan dan Sosialisasi Awal Program Pendidikan Profesi Guru (PPG) Tahun 2010, Hotel Clarion Makassar, 20-22 April 2010